GooglePlayConsole上で、リリース作成時に無効となるAPKと今回追加したAPKが確認出来るかと思いますが、Cordova6.2時代に作成したAPKは５桁だと思います。
Cordova6.5からなのか最近になって変わったのか分かりませんが、これが６桁になっていてリリース出来なかったことがあります。

具体的には
バージョン1.0.11の場合

Codova6.2　⇒　10011
Codova6.5　⇒　100011

こんな感じになっていると、1.0.12としてAPK作っても100012となっていて、10011の方が数字が上なのでリリース出来ないといったことがありました。
※バージョンコードは、ビルド設定で個別に指定できます。